福岡高裁：開門しろ→開門しないなら漁民に制裁金を払え
長崎地裁：開門するな→開門するなら農民に制裁金を払え
…と2つの判決が矛盾するかのような状態になっている点について、国が抗告。で、最高裁はこの抗告について、民事裁判で当事者が違えば結論が分かれることはありうる、としてどちらの制裁金措置もおかしくはない、と決定。
そもそも菅直人が最高裁に上告しなかったのが悪いし、もっとそもそも論を言えばこんな事業をやってしまったのが失敗。長崎県民以外の方はあまりイメージがわかないかもしれませんが、現地に行ったら潮受け堤防はものすごい規模です。堤防道路っていう7㎞くらいある道路もできてるし、いまさら取っ払うのはできない（壊せない）。門も7㎞区間の両端100mくらいだけなんだよなぁ。個人的には開門しても有明海は変わらないんじゃないかなぁと思っている。
ちなみに、潮受け堤防の中はヘドロまみれで云々って意見もあるけど、パッと素人が見た感じではそんなに汚く見えない。確か農業用水としても使っていたはずだが…？